Para limpar o log archives do openldap/berkeleyDB, é usado o utilitário db_archive:
http://pybsddb.sourceforge.net/utility/db_archive.html
Em um shell simples:
for arq in $(db_archive -h /var/lib/ldap -a); do rm -f $arq; done
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Mais uma dica: para evitar fazer isso frequentemente, coloque essas entradas no arquivo DB_CONFIG:
set_lg_regionmax 262144
set_lg_bsize 2097152
set_lg_dir logs
set_flags DB_LOG_AUTOREMOVE
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