Existem diversos guias/checklists disponíveis na internet para lhe ajudar nessa tarefa:
- NIST National Checklist Program Repository docs by OS - http://web.nvd.nist.gov/view/ncp/repository

- NSA Security Configuration Guides: http://www.nsa.gov/ia/guidance/security_configuration_guides/current_guides.shtml

- CIS Security Configuration Benchmarks: http://cisecurity.org

Como você pode ver, há bastante trabalho a ser feito. Baixe os guias/checklists e comece já!